BAMh@HD VN:1.5 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:135534747 @SQ SN:chr11 LN:135006516 @SQ SN:chr11_gl000202_random LN:40103 @SQ SN:chr12 LN:133851895 @SQ SN:chr13 LN:115169878 @SQ SN:chr14 LN:107349540 @SQ SN:chr15 LN:102531392 @SQ SN:chr16 LN:90354753 @SQ SN:chr17 LN:81195210 @SQ SN:chr17_gl000203_random LN:37498 @SQ SN:chr17_gl000204_random LN:81310 @SQ SN:chr17_gl000205_random LN:174588 @SQ SN:chr17_gl000206_random LN:41001 @SQ SN:chr18 LN:78077248 @SQ SN:chr18_gl000207_random LN:4262 @SQ SN:chr19 LN:59128983 @SQ SN:chr19_gl000208_random LN:92689 @SQ SN:chr19_gl000209_random LN:159169 @SQ SN:chr1 LN:249250621 @SQ SN:chr1_gl000191_random LN:106433 @SQ SN:chr1_gl000192_random LN:547496 @SQ SN:chr20 LN:63025520 @SQ SN:chr21 LN:48129895 @SQ SN:chr21_gl000210_random LN:27682 @SQ SN:chr22 LN:51304566 @SQ SN:chr2 LN:243199373 @SQ SN:chr3 LN:198022430 @SQ SN:chr4 LN:191154276 @SQ SN:chr4_gl000193_random LN:189789 @SQ SN:chr4_gl000194_random LN:191469 @SQ SN:chr5 LN:180915260 @SQ SN:chr6 LN:171115067 @SQ SN:chr7 LN:159138663 @SQ SN:chr7_gl000195_random LN:182896 @SQ SN:chr8 LN:146364022 @SQ SN:chr8_gl000196_random LN:38914 @SQ SN:chr8_gl000197_random LN:37175 @SQ SN:chr9 LN:141213431 @SQ SN:chr9_gl000198_random LN:90085 @SQ SN:chr9_gl000199_random LN:169874 @SQ SN:chr9_gl000200_random LN:187035 @SQ SN:chr9_gl000201_random LN:36148 @SQ SN:chrM LN:16571 @SQ SN:chrUn_gl000211 LN:166566 @SQ SN:chrUn_gl000212 LN:186858 @SQ SN:chrUn_gl000213 LN:164239 @SQ SN:chrUn_gl000214 LN:137718 @SQ SN:chrUn_gl000215 LN:172545 @SQ SN:chrUn_gl000216 LN:172294 @SQ SN:chrUn_gl000217 LN:172149 @SQ SN:chrUn_gl000218 LN:161147 @SQ SN:chrUn_gl000219 LN:179198 @SQ SN:chrUn_gl000220 LN:161802 @SQ SN:chrUn_gl000221 LN:155397 @SQ SN:chrUn_gl000222 LN:186861 @SQ SN:chrUn_gl000223 LN:180455 @SQ SN:chrUn_gl000224 LN:179693 @SQ SN:chrUn_gl000225 LN:211173 @SQ SN:chrUn_gl000226 LN:15008 @SQ SN:chrUn_gl000227 LN:128374 @SQ SN:chrUn_gl000228 LN:129120 @SQ SN:chrUn_gl000229 LN:19913 @SQ SN:chrUn_gl000230 LN:43691 @SQ SN:chrUn_gl000231 LN:27386 @SQ SN:chrUn_gl000232 LN:40652 @SQ SN:chrUn_gl000233 LN:45941 @SQ SN:chrUn_gl000234 LN:40531 @SQ SN:chrUn_gl000235 LN:34474 @SQ SN:chrUn_gl000236 LN:41934 @SQ SN:chrUn_gl000237 LN:45867 @SQ SN:chrUn_gl000238 LN:39939 @SQ SN:chrUn_gl000239 LN:33824 @SQ SN:chrUn_gl000240 LN:41933 @SQ SN:chrUn_gl000241 LN:42152 @SQ SN:chrUn_gl000242 LN:43523 @SQ SN:chrUn_gl000243 LN:43341 @SQ SN:chrUn_gl000244 LN:39929 @SQ SN:chrUn_gl000245 LN:36651 @SQ SN:chrUn_gl000246 LN:38154 @SQ SN:chrUn_gl000247 LN:36422 @SQ SN:chrUn_gl000248 LN:39786 @SQ SN:chrUn_gl000249 LN:38502 @SQ SN:chrX LN:155270560 @SQ SN:chrY LN:59373566 @PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.13-r1126 CL:/pbld/netapp/apps/bwa-0.7.13/bwa mem -t 4 /pbld/netapp/database/human/hg19/hg19.fa /pbld/netapp/data1/2017_01_19/DS-8_S15_L001_R1_001.fastq.gz @PG ID:MarkDuplicates VN:2.1.1(6a5237c0f295ddce209ee3a3a5b83a3779408b1b_1457101272) CL:picard.sam.markduplicates.MarkDuplicates INPUT=[DS-8_S15.bam] OUTPUT=DS-8_S15.nodup.bam METRICS_FILE=metrics.DS-8_S15.txt REMOVE_DUPLICATES=true ASSUME_SORTED=true MAX_SEQUENCES_FOR_DISK_READ_ENDS_MAP=50000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=8000 SORTING_COLLECTION_SIZE_RATIO=0.25 REMOVE_SEQUENCING_DUPLICATES=false TAGGING_POLICY=DontTag DUPLICATE_SCORING_STRATEGY=SUM_OF_BASE_QUALITIES PROGRAM_RECORD_ID=MarkDuplicates PROGRAM_GROUP_NAME=MarkDuplicates READ_NAME_REGEX= OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=100 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json PN:MarkDuplicates Tchr10›chr114 chr11_gl000202_random§œchr12÷júchr13VZÝchr14$fchr15@chr16A´bchr17ÊðÖchr17_gl000203_randomz’chr17_gl000204_randomž=chr17_gl000205_randomü©chr17_gl000206_random) chr18@]§chr18_gl000207_random¦chr19—<†chr19_gl000208_randomjchr19_gl000209_randomÁmchr1=CÛchr1_gl000191_randomÁŸchr1_gl000192_random¨Zchr20p±Áchr21ggÞchr21_gl000210_random"lchr22vØchr2í~chr3•Íchr4dÈdchr4_gl000193_random]åchr4_gl000194_randomíëchr5<ŒÈ chr6;3 chr7gC| chr7_gl000195_randompÊchr8vV¹chr8_gl000196_random˜chr8_gl000197_random7‘chr9÷¾jchr9_gl000198_randomå_chr9_gl000199_random’—chr9_gl000200_random›Úchr9_gl000201_random4chrM»@chrUn_gl000211¦ŠchrUn_gl000212êÙchrUn_gl000213chrUn_gl000214öchrUn_gl000215¢chrUn_gl000216¡chrUn_gl000217u chrUn_gl000218{uchrUn_gl000219þ»chrUn_gl000220 xchrUn_gl000221_chrUn_gl000222íÙchrUn_gl000223çÀchrUn_gl000224í½chrUn_gl000225å8chrUn_gl000226 :chrUn_gl000227võchrUn_gl000228`øchrUn_gl000229ÉMchrUn_gl000230«ªchrUn_gl000231újchrUn_gl000232ÌžchrUn_gl000233u³chrUn_gl000234SžchrUn_gl000235ª†chrUn_gl000236Î£chrUn_gl000237+³chrUn_gl000238œchrUn_gl000239 „chrUn_gl000240Í£chrUn_gl000241¨¤chrUn_gl000242ªchrUn_gl000243M©chrUn_gl000244ù›chrUn_gl000245+chrUn_gl000246 •chrUn_gl000247FŽchrUn_gl000248j›chrUn_gl000249f–chrX =A chrYþ÷‰èÞ.ˆ.<[£L \Ÿ1M01689:109:000000000-AVD5N:1:2116:20938:20595ÀˆA!ABHHB!A„"A„A„‚AA!!AA„‚ ""$%%&&&%%%$&%%%%$$%"%%%""""#%"""%!%$"""""%&&$%"%MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScÙ«-+[“L–M01689:109:000000000-AVD5N:1:2107:4710:21543ÀAB"H((!!B!D$„HD!D!„H"!B("%"&%%"$%&%%&%&&%&&&%%""&%"&&&&%&%%&&&"&%&&&&%%%&&%&&&&%""XAZchr3,-44205741,76M,3;MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXSc=çö±-<[cLú´M01689:109:000000000-AVD5N:1:1103:16744:1899À!Aˆˆ"A!!A„ˆ(HHˆ„‚ˆˆ!D"ˆ"„„"""""%&#&#&%%&&%%&&&%&&%%&&& %%%$&$% $&&&&&%&&&&%&$$$%&%"&&&&%%&#&%%&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScçú´-<[“Lö±üüÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:1103:16744:1899Àˆ(HD(ˆˆ"ˆHHHAˆˆHˆ!ˆ"ˆˆD‚&%% "&&&%%%#%%%#"&$%%&&%$"$%"&&&&%$$"%%"%%""%$&&&%%&&&%&&""""MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScè—ì.<\£L–“Õÿ¦ÐM01689:109:000000000-AVD5N:1:2105:11877:10329ÀB„(‚„AHBˆ„AHˆ‚‚H(!(ˆ"A„("""""&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&%&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScç›G-<^cLsHØM01689:109:000000000-AVD5N:1:1117:9538:20482À„!BD(HD!HD!H‚("(„„H‚!"""""&&&&"%&&#$&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&#%&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScësH-<^“L›G(ÿÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:1117:9538:20482ÄHDˆ!(DAˆˆA!!B!$!‚ˆˆ!D&&&&&&&&&$&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%%%"""""MDZ64PGZMarkDuplicatesNMcASc@XScè;‹.<_£Lœ©da_M01689:109:000000000-AVD5N:1:2111:12965:21591ÀH(HBD!"AD(D!B(DB!„((A!(ˆD$„D""""&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&&#%&&&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScë.<_SL ÔM01689:109:000000000-AVD5N:1:1103:21900:18958ÀHˆ$„ˆ"‚ˆ(ˆ‚‚‚‚ˆ!‚"‚ˆHˆ!‚‚„A‚%&&&&# &&&&"%%%"&"%#""$"&$"!!&%$% %$%&&%&&&&&%%$&%"&&%"""""MDZ64C11PGZMarkDuplicatesNMcAScGXScçÅ˜-<_LÿÿÿÿÿÿÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:1106:20211:8963À!B„AHHAADA!(D!‚AAAB$!B„"""""&&&&&&&&&&&&%%%&&&&&$%&&%&&&&%%$&&&&&&&&&%%%&%%&&&&&&&&&#&&$&&&&&&&"%MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScçš´-<_cLyµßM01689:109:000000000-AVD5N:1:2103:9381:17336À!D„BˆHAHABAB$„„‚„$‚ˆD„A"(BDD"""""&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScçyµ-<_“Lš´!ÿÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:2103:9381:17336ÀˆA(!‚„D„!ˆ!!$$$!$‚„H&&&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&$$&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&"&&&&&&&%"""""MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScçô½-<_cLz¿†M01689:109:000000000-AVD5N:1:1102:18464:9073ÀA„DHHHDˆ!ˆH!!ˆˆDˆˆˆˆHˆ(A""""&&&&&&&&&&"%$&&&%%%&&&&&%%&&&&&&&&&&&"%"% %%&&$&&&&&&%&&&&&&&$&&&%&&&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScõz¿-;_“Lô½zþÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:1102:18464:9073``"("!HH„D!D!„"!„"!(ˆˆˆˆˆˆˆˆ„ &#%%%"%$%#%" %"%%$%&&%""%%&&&&&&#&&&&&&&&&&"""MDZ0G53^T22PGZMarkDuplicatesNMcAScFXSc0æ Ë,<`cLåËÜM01689:109:000000000-AVD5N:1:1104:4905:7696À‚"‚„„ˆ$ˆˆ‚!"ˆ(„H(H„(ˆB„ˆˆA‚"""""&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&%&%&&&&%"%&%&&&&&&#%%&&%&&&&&%%%%&&&%&MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScæåË,<`“L Ë$ÿÿÿM01689:109:000000000-AVD5N:1:1104:4905:7696ÀH(‚ˆ(D„(‚((„"$„ˆ„ˆBˆHˆ(AHˆ„„ˆ%&&&&&&&&&%%%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&%&$%&&&&"""""MDZ76PGZMarkDuplicatesNMcAScLXScè&.M01689:109:000000000-AVD5N:1:2106:24107:14906ÀDHAD"!DBD$(AB!B"ADAD(DD„B(DB„!AB%&%#$&$"#% %""!!%%"&&$%$"!%&%&&&$&%%$%#%$"""""MDZ71T4PGZMarkDuplicatesNMcAScGXSc-èf.